L’Assemblée Générale est composée de délégués élus par les adhérents tous les six (6) ans, à raison d'un délégué pour 140 adhérents membres honoraires et membres participants, et d'un délégué pour chaque bureau dont l'effectif varie entre 44 et 139 adhérents.
Elle délibère sur les rapports qui lui sont présentés et statue sur les questions qui lui sont soumises par le Conseil d’Administration.
Le Conseil d’Administration est composé de 18 membres élus par l’Assemblée Générale pour une durée de six (6) ans. Le renouvellement de ses membres s’effectue par tiers (1/3) tous les deux (2) ans.
Un dix-neuvième (19ème) membre représentant l’Administration des Douanes assiste aux réunions du Conseil d’Administration sans droit au vote.
Le Conseil d’Administration exerce tous les pouvoirs qui ne sont pas explicitement attribués à l'Assemblée générale. IL peut déléguer, sous sa responsabilité et son contrôle, une partie de ses pouvoirs soit au bureau, soit à une ou plusieurs commissions temporaires ou permanentes chargées de la gestion, dont les membres sont choisis parmi les administrateurs.
Le Bureau de la MDII est composé de six (6) membres élus par le Conseil d’Administration parmi les administrateurs tous les deux ans. Il est représenté par un Président, un Vice-Président, un Secrétaire, un Secrétaire Adjoint, un Trésorier et un Trésorier Adjoint.
Le Bureau est l'organe qui met en œuvre les décisions du Conseil d'Administration, gère les affaires courantes de la Mutuelle, fixe l'ordre du jour des réunions et prépare les plans d’action.
La Commission de Contrôle est composée de trois membres élus chaque année par l'Assemblée Générale parmi les membres participants de la M.D.I.I non Administrateurs en plus d’un représentant de l'État désigné par l'autorité de tutelle compétente.
Elle vérifie la régularité des opérations comptables, contrôle la tenue de la comptabilité et le portefeuille de la mutuelle.
